一、已经实施
科学整合管理机构和职能。合理整合部门职责，把日常税源基础管理职责整合到纳税服务部门。
国地税互设窗口联合办税。在国地税办税服务厅互设窗口，设置统一的税务标识，联合办理税务登记、纳税申报和税款征收。
开通台商办税绿色通道。在办税大厅开通台商办税绿色通道，为台商提供纳税咨询、办税辅导、政策宣传、风险提醒等个性化服务。
实施“一证一号”商事登记。对商事登记实行联审联办，实现“一证一码、一表申请、一口受理、一证一码、一章审批、印章即刻、立等可取”新型登记模式。
实现网络办税一网通办。实现网上自主办税、网上服务体验，纳税人足不出户即可办理网上申报、网上缴税、网上认证抄税等涉税事宜。
实现涉税办理区域通办。纳税人可以在自贸区内的任意办税服务点办理部分特定申报征收、报税认证、发票验旧、纳税证明开具等涉税事项。
设立税务咨询工作室。组建纳税咨询专家团队，建立集税收宣传、纳税咨询、办税辅导、权益保护为一体的面对面征纳沟通平台。
设立税务咨委E网维权。设立税务咨委会，网上通报税务工作近况、解决纳税人合理诉求等，实现税企互动。在办税服务厅设立服务维权岗，负责受理纳税人的建议、投诉、意见。
落实税收优惠政策。注重跟踪落实财政部、国家税务总局给予平潭增值税、消费税、所得税等区域性特殊税收优惠政策。
推行“银税互动”守信激励措施。联合地税、银行等部门，共享纳税信用等级相关信息，共同推出“税融通”、“纳税信用贷”等融资项目，严格执行纳税信用“黑名单”制度。
二、即将实施
实现国地一窗联办。创建国地税联合办税服务大厅和同一自助办税服务点，实现“国税地税一体办税”。
继续完善网上审批备案。在已实施33项网上审批事项的基础上，进一步开放网上涉税文书审批(报备)系统。
实现自主预约办税服务。在国税机关门户网站、手机APP客户端开设税企互动平台，让纳税人自主选择合适渠道，向国税机关预约办理日常涉税业务。
三、准备推行
实现出口退税无纸化。纳税人在自贸区进行出口退(免)税正式申报以及申请办理出口退(免)税相关证明时，只提供通过税控数字证书签名后的正式电子数据，原规定应向主管国税机关报送的纸质凭证和纸质申报表留存企业备查。主管税务机关通过出口税收管理系统进行电子数据审核后办理退库。
推行税收遵从协议。在自贸区范围内率先试行征纳双方签订税收遵从协议的做法，在《征管法》规定的基本权利和义务外，建立有效的征纳互信机制。约定凡签订税收遵从协议的纳税人，享有更便利的办税手段和方式、更宽松的税收风险应对机制。税务部门主动推送税收遵从协议，作为提醒事项供纳税人自愿选择。新登记纳税人签订时点，确定为首次纳税义务发生时，存量纳税人自愿选择是否签订。
适时发布涉税风险。主动、不定时发布涉税风险白皮书，由风险控制部门提出风险点，统一对外发布。对纳税人可能因为不了解税收法律法规，经常遇到的涉税风险点进行发布，提醒纳税人有效规避相关涉税风险。对“走出去”企业可能遇到的所在国涉税风险进行收集，提醒自贸区内纳税人在国际贸易往来、兼并重组、资本运作中健全风险控制机制、规避涉税风险。
