大蒜很早以前就被人类当医药品应用，具有抗菌、除霉、抗病毒、杀寄生虫等拮抗微生物之活性，其在水产养殖业的应用研究很多，主要为增强水产动物的免疫力，促进成长及防治微生物感染症等。
台湾农委会水试所研究发现，在冬天以添加1%的大蒜饲料投喂6个月，鱼类对寒冷的耐受力会提高，对吴郭鱼的免疫力包括淋巴细胞合成、细胞激素释放、吞噬作用、自然杀手细胞活性等也具促进作用。另外大蒜是对格兰氏阳性及阴性菌具强拮抗活性的广效性抗菌剂，对鱼类细胞不具毒性，对水产养殖常见的鱼虱及原虫类寄生虫皆具杀除功效。以0.1-1%加入饲料投喂鱼虾20天以上，可以有效促进鱼虾成长及增强免疫力。预期可将大蒜导入鱼虾细菌性感染症防治，为水产养殖动物开发另类的天然疗法。
水试所目前也针对大蒜蒜素进行研究，蒜素不存在于完整的大蒜，而是以蒜氨酸型态大量存在于大蒜中，当大蒜瓣被剥开、切碎、捣碎时，蒜氨酸酶会将蒜氨酸快速分解为蒜素释出。蒜素可以和含硫醇基快速反应而达到拮抗微生物之作用，这些含硫醇基酵素包括提供微生物养分，及代谢所需的硫胱氨酸蛋白质酶及乙醇去氢酶等。
