为配合“行政院”2012年组织调整作业，台湾将“行政院农业委员会”提升为“农业部”，并规划进行重大组织调整：1.建立农产品行销、品质安全及消费者服务之单一窗口。规划将国际性、综合性之农产品行销、品质安全以及消费者保护等业务，由原分散于各产业机关（单位），整合至“农产品行销司”；2.落实动物保护及宠物管理。规划成立动物保护专责单位“畜产及动物保护司”，期能强化动物及宠物之管理业务；3.重视农业资源永续利用及发展。为解决全球性气候变迁造成农业用地与水资源短缺与劣化等问题，未来“农业部综合规划司”将负责综合性农业资源保育与永续利用策划及协调，以提升农业资源效率；4.落实农村建设及农村再生。为实质照顾台湾4000个农渔村、60万户农渔民，落实推动农村再生条例，规划成立“农村发展署”，负责统筹农村规划及建设相关资源，并配合区域性农业政策，整合政府各部门在农村社区实施之建设及计划；5.加强南部地区之渔业重心。彰化以南地区及澎湖县为远洋与养殖渔业重镇，其渔产量达台湾总渔产量约86%，其中大型远洋渔船约93%集中于高雄及屏东地区。为提升效率，满足中南部渔民之期待，渔业署将成立南区分署；6.强化花卉研究能量。台湾花卉产值约为125亿元，已具备可观之基础与能量，为提升台湾花卉产值，进而将台湾建设成世界级花卉岛，农业试验所将成立花卉试验分所。
